Dans un cas désespéré, pour empêcher le vaisseau d'être capturé par un ennemi, il est possible de l'autodétruire. Il y a deux systèmes d'autodestruction.
Le système principal est en fait une désactivation volontaire de tous les systèmes de sécurité du warp core et des réserves de carburant. Toute l'antimatière transportée par le vaisseau réagit donc avec la matière du vaisseau et le deutérium relâché provocant une explosion qui équivaut à 500 à 1500 torpilles photon dépendant des réserves du vaisseau.
Le système secondaire est composé de dizaines d'engins explosifs répartis dans tout le vaisseau. Il est utilisé quand les réserves d'antimatière ont déjà été éjectées ou sur un module qui n'est pas équipé de moteurs warp.
Pour activer ou arrêter l'autodestruction, l'autorisation des deux officiers de plus haut rangs sur le vaisseau (habituellement le capitaine et le premier officier) doit être donnée. Si l'ordinateur détermine qu'un officier n'est pas disponible, il requiert l'autorisation de celui qui le suit dans la chaîne de commandement mais personne qui n'est pas un membre de l'équipage senior ou qui a un grade plus bas que lieutenent-commander ne peut autoriser ou désactiver l'autodestruction.